INTRODUCCIÓN
Los incentivos tributarios tienen una trampa silenciosa: son fáciles de aplicar y difíciles de conservar. La deducción adicional por proyectos de investigación científica, desarrollo tecnológico e innovación tecnológica —el beneficio estrella de la Ley N.° 30309— es un ejemplo perfecto. Deducir más de lo gastado suena a oportunidad evidente. Pero el beneficio no se juega en el momento de tomarlo, sino años después, cuando una fiscalización revisa si el proyecto que se calificó fue realmente el proyecto que se ejecutó.
El Decreto Supremo N.° 116-2026-EF entra justamente en ese punto. Modifica el Reglamento de la Ley N.° 30309 para adecuarlo a la Ley N.° 32539 y, sobre todo, precisa con mayor dureza cuándo un contribuyente perderá el beneficio y qué le tocará devolver. Para las empresas que ya aplicaron la deducción adicional, o que la aplicarán, esta norma redefine el nivel de rigor con que deben ejecutar y documentar sus proyectos. Ignorarla es aceptar un pasivo tributario latente sin saberlo.
Qué beneficio está en juego: la deducción adicional de la Ley N.° 30309
La Ley N.° 30309 permite a los contribuyentes deducir adicionalmente, para efectos del Impuesto a la Renta, los gastos realizados en proyectos de I+D+i, siempre que estos sean previamente calificados conforme al procedimiento del CONCYTEC y se cumplan los requisitos de la normativa. Es un incentivo potente: no solo permite deducir el gasto real, sino un porcentaje adicional, reduciendo de forma significativa la base imponible.
Ese poder es también su riesgo. Un beneficio que reduce sustancialmente el impuesto es un beneficio que la Administración vigila con especial atención. Y cuando el incentivo depende de que un proyecto se ejecute conforme a lo aprobado, la ejecución deja de ser un asunto técnico del área de innovación y se convierte en un asunto tributario de primer orden.
La adecuación a la Ley N.° 32539: alinear el reglamento con la reforma
El D.S. N.° 116-2026-EF modifica el Reglamento aprobado por el D.S. N.° 188-2015-EF para armonizarlo con la reforma de la Ley N.° 32539. En concreto, incorpora las consecuencias aplicables cuando una fiscalización determine que el proyecto no se ejecutó conforme a las condiciones exigidas por la ley. Dicho de otro modo: el reglamento cierra el círculo que la reforma abrió, precisando qué pasa cuando lo prometido en la calificación no coincide con lo efectivamente realizado.
Cuándo se pierde el beneficio: la modificación clave del artículo 15
La principal modificación está en el artículo 15 del Reglamento, que ahora precisa dos supuestos de pérdida del beneficio. El primero: cuando el proyecto no haya culminado dentro de los plazos establecidos por la Ley N.° 30309. El segundo, más exigente: cuando el proyecto, aun habiendo culminado a tiempo, no cumpla con el objetivo aprobado durante su calificación.
Ese segundo supuesto eleva el estándar de manera notable, porque cumplir plazos ya no basta: hay que cumplir resultados. Un proyecto puede terminarse puntualmente y, aun así, perder el beneficio si no alcanzó lo que prometió cuando fue calificado. La ejecución diligente deja de medirse por la ejecución del gasto y pasa a medirse por el logro del objetivo.
«El beneficio no se conserva por gastar a tiempo, sino por lograr lo que se prometió. Un proyecto terminado en fecha pero sin cumplir su objetivo es hoy un beneficio en riesgo.»
El nuevo alcance del concepto de «objetivo»
La norma aclara —y aquí está el detalle que muchas empresas subestiman— que el concepto de «objetivo» comprende no solo el objetivo general, sino también los objetivos específicos y el alcance del proyecto de investigación, desarrollo tecnológico o innovación tecnológica. La consecuencia práctica es profunda: la evaluación ya no se hará contra una meta genérica y flexible, sino contra el conjunto detallado de compromisos asumidos en la calificación.
Esto obliga a un cuidado extremo desde el diseño. Un objetivo general redactado con holgura, pero acompañado de objetivos específicos ambiciosos o de un alcance sobredimensionado, se convierte en una vara alta contra la cual será medido el proyecto. La forma en que se define el objetivo al momento de calificar determina, en buena medida, la exposición al riesgo de perder el beneficio años después.
Consecuencias de una fiscalización desfavorable
Cuando el CONCYTEC determine, tras una fiscalización, que se configura alguno de esos supuestos, revocará la resolución que aprobó la calificación del proyecto y comunicará la decisión a la SUNAT. A partir de ahí, la cadena de consecuencias para el contribuyente es contundente: deberá rectificar sus declaraciones juradas anuales del Impuesto a la Renta; reintegrar el impuesto que dejó de pagar por efecto del beneficio, con los intereses correspondientes; y asumir, de ser el caso, las sanciones tributarias previstas por la legislación vigente.
«Un beneficio tributario mal sustentado no es un ahorro: es una deuda con fecha diferida. La revocación no solo devuelve el impuesto; suma intereses y, eventualmente, sanciones.»
El punto crítico es temporal. La revocación puede llegar años después de aplicada la deducción, y los intereses corren durante todo ese lapso. Un beneficio tomado en un ejercicio puede transformarse, tres o cuatro años más tarde, en una contingencia considerablemente mayor a la ventaja original. Por eso la única defensa real es la documentación contemporánea que acredite que el proyecto se ejecutó conforme al objetivo aprobado.
Aplicación inmediata a las fiscalizaciones en curso
La norma incorpora una disposición complementaria transitoria de enorme relevancia práctica: las fiscalizaciones en trámite al momento de la entrada en vigor del decreto se evaluarán conforme a las nuevas reglas. Esto significa que el endurecimiento no espera a los proyectos futuros: alcanza a procedimientos que ya están abiertos. Las empresas con fiscalizaciones en curso sobre proyectos de I+D+i deben revisar de inmediato su posición a la luz de este nuevo estándar, porque las reglas con las que serán evaluadas cambiaron a mitad de camino.
La lectura estratégica: el beneficio se defiende desde la calificación
La enseñanza de fondo del D.S. N.° 116-2026-EF es que la deducción adicional por I+D+i es un beneficio que se gana dos veces: una al calificarlo y otra al sustentarlo frente a una fiscalización. Entre ambos momentos, la empresa debe haber construido un expediente que demuestre, con evidencia contemporánea, que el proyecto ejecutado corresponde al proyecto aprobado en su objetivo general, sus objetivos específicos y su alcance. La calificación abre la puerta; la ejecución documentada es lo que la mantiene abierta.
El riesgo se concentra en la brecha entre lo prometido y lo realizado. Cerrar esa brecha exige coordinación entre las áreas técnicas que ejecutan el proyecto y la mirada tributaria que anticipa cómo será fiscalizado. Cuando esa coordinación no existe, el beneficio se aplica con optimismo y se pierde con intereses.
CONCLUSIÓN
El D.S. N.° 116-2026-EF adecúa el Reglamento de la Ley N.° 30309 a la Ley N.° 32539 y, al hacerlo, redefine el rigor exigible a los proyectos de I+D+i: precisa los supuestos de pérdida del beneficio, amplía el concepto de «objetivo» al objetivo general, los específicos y el alcance, y establece consecuencias severas ante una fiscalización desfavorable, incluso para procedimientos en curso. El mensaje para las empresas es claro: la deducción adicional sigue siendo una gran oportunidad, pero exige una ejecución diligente y una documentación impecable desde el primer día. En incentivos tributarios, más que aplicarlos, lo difícil —y lo valioso— es conservarlos.
En Quantum Consultores, con más de 20 años de experiencia y el liderazgo de Marysol León, acompañamos a las empresas en todo el ciclo de vida de sus beneficios tributarios: desde el diseño y la calificación de sus proyectos de I+D+i hasta la construcción del sustento que los defiende frente a una fiscalización del CONCYTEC y la SUNAT. Con un enfoque boutique, senior y preventivo, ayudamos a que su incentivo sea un ahorro real y no un pasivo diferido.
Si su empresa aplica o evalúa aplicar la deducción adicional de la Ley N.° 30309, conversemos sobre un planeamiento tributario y un acompañamiento en fiscalización a la medida: proteger el beneficio empieza antes de que llegue el requerimiento.
